Ecological genomics of fungi and nematodes

真菌和線蟲生態基因體學研究

Mycena 小菇

Ecology and evolution of bioluminescent fungi

夏季夜晚,除了螢火蟲,還有某些野菇(蕈類)也在樹下散發著微微冷光!為何會有蕈類發光一直是演化學家好奇的問題。

真菌生物特徵的展現,往往不只由單一一個基因所控制,大多是被一群基因排列組成的基因簇所調控。2018年,俄國科學家已發現蕈類發光的主要基因簇,但基因體結構及其演化歷史還有待探索。若能掌握完整的基因體,並研究其變異的歷史,便有機會更全面地探討蕈類調控發光的機制、目的及意義。我們特別針對三大含有發光真菌的支系之一的小菇支系(Mycenoid lineage)內的台灣四種發光以及一種不具發光的物種,解序其基因體。小菇支系具有約600個物種,但僅11%具發光特性。

我們探討物種調控發光的機制。雖然臺灣目前對蕈類的研究著重於食用或藥用功能,但發光蕈的應用已愈發成熟且備受重視,我們研究定序的五個物種皆在臺灣採集,如目前僅在臺灣發現的墾丁小菇及金星小菇等,也將成為國際間研究真菌的重要基因體資源。

Project lead

Huei-Mien Ke 柯慧棉博士後研究

Selected publication

Mycena genomes resolve the evolution of fungal bioluminescence
HM Ke*, HH Lee, CYI Lin, YC Liu, MR Lu, JWA Hsieh, CC Chang, PH Wu, MJ Lu, JY Li, G Shang, RJH Lu, LG Nagy, PY Chen, HW Kao and IJ Tsai*
Biorxiv